Бессел народився у Нідерландах у 1943. Навчався у Гавайському університеті, де вивчав домедичну програму за фахом «Політологія». У 27 років отримав ступінь доктора медицини, закінчивши Прітцкерівську медшколу Чиказького університету. Також у Масачусецькому центрі психічного здоров'я закінчив психіатричну ординатуру. Отримавши освіту, очолив державну лікарню у Бостоні. Наступна його посада - психіатр в амбулаторії Адміністрації ветеранів міста Бостон. Там його дуже зацікавила тема травматичного стресу. Бессел заснував у Брукліні Травматологічний центр. На базі бруклінського центру проводилися навчальні програми, клінічні випробування та дослідження у яких брав участь Бессел.
Наприклад, там досліджували посттравматичні стресові розлади, дисоціативні розлади ідентичності, створюючи нейровізуалізації. Його дослідження отримали грант від Національного інституту здоров'я на вивчення йоги та EMDR. З 1999 створювалися Національні мережі дитячого травматичного стресу, які ініціював Бессел ван дер Колк.
Наразі це широка мережа з 150 сайтів. З 2018 року функціонує Фонд дослідження травм, знову-таки за його ініціативою. На сьогоднішній день він викладає у багатьох країнах світу, а його книжка «Тіло веде лік» являється однією із найбільш популярних книжок сьогодення.