Бессел родился в Нидерландах в 1943 году. Учился в Гавайском университете, где изучал домедицинскую программу. В 27 лет получил степень доктора медицины, окончив Притцкеровскую медшколу Чикагского университета. Также в Массачусетском центре психического здоровья окончил психиатрическую ординатуру. Получив образование, возглавил госбольницу в Бостоне. Следующая его должность - психиатр в амбулатории Администрации ветеранов города Бостон. Там его очень заинтересовала тема травматического стресса. Бессел основал в Бруклине Травматологический центр.
На базе бруклинского центра проводились обучающие программы, клинические испытания и исследования в которых участвовал Бессел. К примеру, там исследовали посттравматические стрессовые расстройства, диссоциативные расстройства идентичности, создавая нейровизуализацию. Его исследования получили грант от Национального института здоровья на изучение йоги и EMDR. С 1999 года создавались Национальные сети детского травматического стресса, которые инициировал Бессел ван дер Колк.
В настоящее время это широкая сеть из 150 сайтов. С 2018 года функционирует Фонд исследования травм, опять-таки по его инициативе. На сегодняшний день он преподает во многих странах мира, а его книга «Тело ведет счет» является одной из самых популярных книг.