Филипп Пулман родился 19 октября 1946 года в Норидже, Норфолк, Великобритания в семье пилота Королевских ВВС Альфреда Отрама и Одри Эвелин Отрам в девичестве Меррифилд. Семья часто переезжала, и в детстве Филиппу Пулману пришлось много путешествовать по миру. Часть своего детства он, в частности, провел в Южной Родезии (сейчас в Зимбабве), где он некоторое время учился в школе. В 1953 году, когда Пуллману было семь лет, его отец погиб в авиакатастрофе. Мать Пуллмана снова вышла замуж и семья переехала в Австралию, а с 11 лет проживал в Северном Уэльсе, у своего деда, который был священником.

Окончив школу, Филипп Пуллман учился в Оксфорде, в Эксетер-колледже, где изучал английскую филологию. Позже он вернулся в Оксфорд, где 12 лет работал учителем в разных школах, а затем преподавал в Вестминстер-колледже — вел курсы по викторианскому роману и фольклору. Со временем Пуллман оставил преподавательскую работу и полностью посвятил себя литературе.